同一个标志物可用不同方法进行检测，如可以从血清学水平、免疫组化检测CEA或P-gp等，也可以用FCM或RT-PCR来检测。
   血清学水平：除传统的放射免疫分析（RIA）和酶联免疫分析（ELISA）外，目前在国内主要有三类全自动免疫化学分析系统（化学发光免疫分析系统；荧光免疫分析系统和电化学发光免疫分析系统）广泛的应用于临床，对血清肿瘤标记物检测具有快速、准确、半定量。可检测AFP、CEA、CA19-9、CA72-4、CA125、CA15-3、NSE、Cyfra21-1、PSA、f- PSA等。
   组织学水平：免疫组化和原位分子杂交组化技术是近年发展起来的一门新兴边缘学科。它将免疫学技术和分子生物学技术同组织病理学制片方法巧妙结合在一起，在组织细胞原位显示某些化学成分和特定基因片段。
   常规标本中约5%～15%疑难病例或恶性肿瘤需采用免疫组化进行鉴别诊断和预后分析。 
   Porter D利用mRNA原位杂交检测细胞水平基因表达，在组织芯片上免疫组织化学检测乳房导管原位癌和浸润癌病理学特征和临床意义。 )
   图像分析技术可以定量测定组织切片上肿瘤细胞DNA含量和形态学分析，对判断肿瘤恶性度及预后具有重要临床价值。
   细胞学水平：流式细胞术（Flow Cytometry, FCM）。是利用FCM对细胞和细胞器的结构和某些功能进行定量检测，并利用细胞表面特异性标志对特定细胞亚群进行分析和分选的先进技术方法。检测白血病和淋巴瘤标记物(CD系列)利于诊断和鉴别诊断；用FCM检测恶性肿瘤细胞的P-gp可为临床选择化疗药物提供依据；我们用FCM检测消化道肿瘤外周血CD44水平。
   电镜：电镜酶细胞化学技术、免疫电镜技术、原位杂交电镜技术。
   分子学水平：聚合酶链反应法（PCR）是一种极为简单、敏感、高效、特异和快速的能在体外进行扩增DNA的技术。
   目前，国内外用ＲＴ-ＰＣＲ方法检测外周血中的肿瘤细胞的主要标记基因有细胞角蛋白19(CK19 mRNA)和20(CK20mRNA)用于上皮性恶性肿瘤；癌胚抗原(CEAmRNA)用于结直肠癌、胃癌、胰腺癌、乳腺癌等CEA分泌性肿瘤；甲胎蛋白( AFPmRNA)用于肝细胞癌微转移的检测。
   生物芯片分析系统：①基因芯片。我们做了卵巢癌[27]和食管癌[28,29]基因表达谱的研究工作。Zhu G报道[30]用显微切割和芯片技术结合分析乳房癌不同部位肿瘤细胞之间基因表达差异。②组织芯片[18]。组织芯片可以帮助节省试剂、人力和费用。过去分析一个肿瘤的试剂量现在可以分析高达数百个甚至1000个肿瘤,而且是在同一张切片上同时进行。③蛋白芯片。为多标志联合检测提供了理想的工具，英国RANDOX公司已经在全球同时推出的包含8种肿瘤标志的蛋白芯片。